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关键词： 草苁蓉   全长转录组测序   大兴安岭   代谢通路   生物信息分析  

摘要： 草苁蓉为东北道地药材,具有补肾壮阳,润肠通便,止血的功效,草苁蓉中含有草苁蓉多糖、草苁蓉环烯醚萜苷、草苁蓉酸等活性成分,具有丰富的药用价值。目前对草苁蓉的研究多集中于有效成分,药理性等方面,在转录组及功能基因方面的内容较少。为进一步了解大兴安岭草苁蓉的转录组,丰富其遗传信息利用高通量测序技术获得大兴安岭草苁蓉种子的转录组信息。利用转录组测序获得Unigene序列,将Unigene与七大功能数据库注释进行比对注释、SSR分析、CDS预测,得到草苁蓉转录组的信息。结果显示,共获得18.87 G的CleanData,各样本的有效数据量分布在5.4~7.06 Gb,Q30碱基分布在95.66%~97.45%,平均GC含量为49.35%。拼接出Unigene 57799条,总长度为48308661 bp,平均长度为835.8 bp。大兴安岭草苁蓉与油菜(Brassica napus)序列相似度最高,47035个(81.38%)基因注释到非冗余蛋白序列数据库(NR),33653个(58.22%)基因注释到蛋白序列数据库(Swissprot),13174个(22.79%)基因注释到京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG),27886个(48.25%)基因注释到真核生物蛋白相邻类的聚簇数据库(KOG),42506个(73.54%)基因注释到直系同源蛋白分组比对数据库(eggNOG),30928个(53.51%)基因注释到基因本体论数据库(GO),29642个(51.28%)基因注释到蛋白家族数据库(Pfam)。预测出SSRs 11031个,包含SSRs的Unigene有57799条,包含大于1个SSRs的Unigene有1886条,复合型SSRs943个。预测出53033条CDS序列,其中数据库比对方法预测出47140条,ESTScan预测出5893条。研究结果丰富了大兴安岭草苁蓉的转录组数据,为深入研究大兴安岭草苁蓉生物学特性及分子机制等提供参考,也有利于其资源开发和保护利用。

关键词： 桃   阳离子质子转运体   生物信息学   功能分析  

摘要： 阳离子质子转运体(cation/H^(+)exchanger,CHX)基因家族在植物生长发育及逆境中发挥着重要功能。本研究对桃CHX基因家族进行鉴定,并分析其在非生物胁迫和激素中的表达模式。以拟南芥CHX成员为模型,在桃基因组数据库中进行BLASTP算法搜索初步比对出桃CHX家族成员,并利用在线工具Pfam和SMART进一步筛选。最终在桃中鉴定到26个CHX家族成员,分布在6条染色体上;系统进化分析将桃CHX家族基因划分为8个亚族,每个亚族的基因结构和Motif基本一致;共线性分析发现,种内中仅有1对线性关系;种间(桃与拟南芥)存在12对基因对。qRT-PCR表明,PpCHX基因家族成员在桃不同组织中的表达存在差异。此外,PpCHX02、PpCHX03、PpCHX05、PpCHX06、PpCHX13、PpCHX14、PpCHX15、PpCHX16、PpCHX18、PpCHX20、PpCHX22、PpCHX25均显著受200 mmol·L^(-1) NaCl、干旱(15%PEG)与低温(4℃)的诱导;PpCHX02、PpCHX03、PpCHX06、PpCHX13在赤霉素、水杨酸与脱落酸处理下均表现出高的表达水平。

关键词： 初中生物教学   知识图谱   教学策略  

摘要： 本文针对初中生物教学,探讨了如何利用知识图谱如何构建有效的教学策略以提高学生学习效果和兴趣.首先介绍了知识图谱的定义,以及在教学中的作用和与生物教学结合的意义.其次,从知识图谱的建立、优化和应用几个方面展开讨论,包括内容更新与扩展、可视化呈现,以及交互式学习设计.最后,具体探讨了知识图谱在教学中的应用,如教师引导下的知识图谱解读、学生自主探究与知识图谱互动,以及知识图谱与生物实验教学的结合.本文的研究旨在为初中生物教学提供更具针对性和趣味性的教学策略,促进学生对生物知识的深入理解和应用.