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CNGBdb中国国家基因库大数据平台

内容分类:数值数据   

学科分类:理学   医学   

变异、遗传因子、DNA序列……是大家再熟悉不过的词。归根结底,它们与基因有关。解码基因的奥秘,对于人类科学研究、探索世界有着重要意义。通过基因序列的分析不仅能针对性治疗疾病还能针对性制定出适合每个人的饮食、运动、养生的方法。

今天,国家基因库生命大数据平台,英文全称为:China National GeneBank DataBase (CNGBdb)(简称CNGBdb)已在CARSI正式上线,向CARSI所有用户提供文献检索、科学数据交汇与存储、分析计算等集“搜存算用”于一体的服务。CNGBdb的加入,标志着CARSI公共服务向生命科学领域纵深拓展,助力生命科学数据开放共享和应用。CARSI联盟全体师生可通过CARSI直接使用,无需付费购买也无需申请开通。

国家基因库生命大数据平台(简称CNGBdb),CNGBdb由深圳国家基因库(以下简称“国家基因库”)倾力打造,是国家基因库样本和数据资源开放共享的统一平台,提供科学研究中数据资源开放共享服务,如数据汇交管理、数据在线分析等;同时提供样本资源开放共享服务,如样本共享展示和样本共享申请。目前,平台汇聚全球超11PB的科学数据,并已经获得21家国际出版社/系列期刊认可。

CARSI的资源共享特性为生物遗传资源共享提供了新渠道,师生们可以在CNGBdb平台上共同存储、分析样本/数据、发表成果、制作课件、实操学习等。用户身份真实性可通过CARSI来保证这一前提,为CNGBdb平台和高校进一步合作科研项目,推动科学数据库建设,促进可管控的样本和数据资源的开放流通和合理利用,提供了强有力的底层支撑。

CNGBdb平台主要包含哪些数据库?如何助力生命科学研究?一起来看看吧。

01 搜——海量信息,智能检索

CNGBdb整合了来源于国家基因库、NCBI、EBI、DDBJ等平台的数据,包括文献、变异、基因、蛋白质、序列、项目、样本、实验、组装、物种10个结构的大量分子数据和其他信息,通过CNGBdb搜索建立索引,并将这些数据与样本甚至样本活体相关联,从而实现数据从活体到样本再到信息数据全过程的可追溯性,达成综合数据的全贯穿。

访问总入口:https://db.cngb.cn/

02 存——国际认可,规范管理

国家基因库序列归档系统(CNSA)是一个归档全球组学数据的系统,致力于组学数据的存储、管理和共享,促进组学数据的再利用,推动生命科学的发展。服务国家战略,加强我国遗传数据资源的安全性,为国内科研人员提供更加安全、规范、可靠、便捷、开放的数据归档系统。

CNGBdb遵循并建立权威认证和国际认可数据标准和共享机制,为归档后的科学数据提供了CNP与doi编号,为科学数据的存储与共享提供有力的帮助。在科研论文发表时,可以直接引用在CNGBdb中存储的数据编号/链接,为科研成果提供有力的数据支撑。

访问地址:https://db.cngb.cn/cnsa/

国家基因库样本信息共享平台(E-BioBank,简称EBB),致力于搭建样本持有方与使用方之间的桥梁,整合国内外生物样本信息和样本库信息,规范并统一样本信息整合标准,创造公平、公开的生物样本共享环境,促进生物样本的科学、合理利用,是一个公益性、基础性、战略性的科技创新服务平台。

访问地址:https://db.cngb.cn/ebb/

03 算——安全可信,高效扩展

生命大数据可信计算平台(CODEPLOT)以数据汇交模块存储的海量数据构建的数据广场为支撑,以灵活工作空间管理模式为核心,同时采取权限管理以及区块链存证等多种模式,确保用户数据安全共享。基于平台数据和工具流程,CODEPLOT面向高校和学生打造基因组、转录组、单细胞、时空、代谢等多组学生物信息分析课程和教研服务平台。

访问地址:https://db.cngb.cn/codeplot/

国家基因库高性能混合计算池,拥有CNGB独有的千种植物转录组数据集、万种鸟基因组项目数据集、大规模免疫序列数据集 等,同时整合了NCBI 最新的nt、nr库,方便用户对核酸或蛋白质序列进行搜索对比。安全多方计算工具,结合区块链技术,在不暴露原始数据的情况下进行联合计算,实现数据安全共享。

访问地址:https://db.cngb.cn/blast/

04 用

CNGBdb基于重大项目成果及现有数据资源,构建了动植物多样性、 微生物、 健康与疾病等不同领域方向的30余+科学数据库。与多家高校、科研院所合作共建组学数据应用,构建了全球最大的生菜数据库LettuceDB、时空组学数据库StomicsDB等高质量数据库,并为数据库提供稳定、安全的网络和服务器资源。

访问地址:https://db.cngb.cn/scientific_database/

05——一站式生命科学数据应用平台

基于的“搜、存、算、用”四大功能,CNGBdb建立一体化的科研支撑服务,支撑科研数据构建全流程闭环。从“科研数据检索”、“科学数据归档”到“生物信息分析挖掘”再到“科研成果共享发表”,实现了生命科学研究用户在科学数据领域的稳定保存和高效应用。

具体访问使用方式如下:

(1)访问平台:https://db.cngb.org/

(2)点击平台右上方登录按钮;

(3)在登录页面点击下面的CARSI图标,进入CARSI登录页面,输入我校名称;

(4)在出现的我校统一身份登录页面上输入你在学校信息门户平台登录的账号和密码,即可登录该平台访问利用。